Borneo Theological Seminary (BTS) melaksanakan pendidikan, pembinaan dan pelayanan terhadap siswa-siswi dengan menekankan kualiti akademik, kerohanian, kedewasaan sikap dan tingkahlaku yang diwujudkan dalam bentuk lambang:
1. Bulatan besar melambangkan ikatan kesatuan yang berterusan.
2. Lima sudut yang melambangkan bahagian-bahagian (5) lima rukun Negara dalam hal ini SIB menyokong dan mengamalkan seruan kerajaan.
3. Burung merpati melambangkan kehadiran Roh Kudus di mana setiap pelayanan dan pengetahuan Teologi haruslah diterangi dan dibawah pimpinan Roh Kudus sendiri.
4. Bulatan yang ada dalam 5 sudut melambangkan dunia sebagai ruang lingkup atau wilayah kerja dan pelayanan bagi setiap hamba-hamba Tuhan yang telah menyelasaikan pendidikan Teologi.
5. Salib melambangkan karya penyelamatan (pengorbanan) dan kasih Kristus terhadap manusia.
6. Kalimat “Jadilah Saksi Kristus” merupakan tema SIB sepanjang masa.
