Program Pendidikan Teologi Jarak Jauh (PTJJ) di Borneo Theological Seminary (BTS) telah mengalami evolusi yang signifikan dari segi metodologi pengajarannya, seiring dengan perkembangan teknologi dan keperluan semasa.
Pada awalnya bermula dengan pembelajaran mengikut kawasan sebagai pusat pengajaran, di mana para pensyarah BTS bergerak ke kawasan-kawasan tersebut untuk mengajarkan subjek-subjek teologi kepada jemaat di gereja lokal.
1. Pengenalan Perjanjian Lama 1
2. Pengenalan Perjanjian Baru 1
3. Asas Kerohanian & Karakter Kristian
4. Sejarah Gereja 1
5. Penginjilan
6. Teologi Sistematik 1 (Allah)
7. Hermenuetik
8. Kemahiran Pembelajaran & Penulisan
1. Pengenalan Perjanjian Lama 2
2. Pengenalan Perjanjian Baru 2
3. Pelayanan Pastoral
4. Sejarah Gereja 2
5. Muzik / Teologi Ibadah
6. Kitab Sejarah
7. Surat Paulus
8. Homiletik 1
1. Kaunseling Pastoral 1
2. Kitab Mazmur
3. Teologi Sistematik 2 (Manusia & Dosa)
4. Pertumbuhan Gereja
5. Penatalayanan
6. Misiologi / Teologi Misi
7. Pentateukh
8. Homiletik 2
1. Kitab Nabi-nabi
2. Kaunseling Pastoral 2
3. Sejarah Gereja 3 (Sejarah SIB / Sejarah Gereja Moden)
4. Pendidikan Kristian
5. Agama-agama Dunia
6. Hukum-hukum Gereja
7. Tulisan Yohanes
8.Teologi Alkitab
Syarat kelayakan
i. Berumur 17 tahun ke atas.
ii. Mempunyai kelulusan akademik sekurang-kurangnya SRP/PMR/PT3, atau;
iii. Lulusan daripada Pusat Latihan Pemuridan Asas (PLPA)
Yuran PTJJ
| Bil | Perkara | Yuran(RM) |
| 1 | Yuran Pendaftaran (sekali untuk setiap Modul) | RM80.00 |
| 2 | Yuran Subjek (RM 50.00 / Jam Kredit) | RM100.00 |
| 3 | Yuran Audit / Pendengar | RM50.00 |
Senarai pensyarah Pendidikan Teologi Jarak Jauh
i. Pst. Joeraimon Panus, M.Th
ii. Pst. Jirry Bonot, M.Th
iii. Pst. Demianus David, MACE
iv. Pst. Jalius Ahubat, M.A
v. Pst. Patricia Galidau, M.Th
vi. Pst. Djisani Balang, M.Div
vii. Pst. Reylis Mabuang, M.Div
viii. Pst. Hildah Sumping, M.Div
ix. Pst. Jenvera Jumin, M.Div
x. Pst. Mic Azary Motis, M.A
xi. Pst. Nelson Raimon, M.Div
