Borneo Theological Seminary ditubuhkan atas dasar kerinduan jemaah di Sabah untuk mendengar dan mempelajari Firman Tuhan yang semakin bertambah dan mendalam. Untuk memperlengkapi orang tempatan yang mempunyai panggilan Tuhan dalam pelayanan, seminari ini dibuat untuk menjangkau jiwa-jiwa yang haus akan Tuhan.

Dimulakan pada tahun 1965, Borneo Theological Seminary telah melalui beberapa perubahan dan penaiktarafan nama institusi serta program sehingga berdirilah seminari ini pada hari ini.

Seminari ini telah ditubuhkan dengan rasmi pada 28 Mei 1965, dengan menggunakan nama Sekolah Injil Latihan (SIL) Namaus, dengan pelajar sebanyak 23 orang pelajar. SIL kemudian telah bertukar nama kepada Sekolah Teologia Pertama (STP) Namaus pada tahun 1974.
Dengan anugerah Tuhan, STP telah dinaiktaraf menjadi Maktab Teologi Sabah (MTS) oleh Persidangan Agung SIB Sabah pada tahun 1993 dan seterusnya pada 2018, nama MTS telah ditukar dan sehingga kini dikenali sebagai Borneo Theological Seminary.

Ini juga seiring dengan perkembangandan peningkatan yang berlaku terhadap BTS sejak ianya ditubuhkan termasuklah peningkatan dari segi jumlah pelajar, tahap pendidikan para pengajar, dan juga fasiliti pembelajaran. BTS juga telah mengembangkan misi pendidikannya dengan meningkatkan program pendidikan teologinya. 

Pada awalnya, kampus hanya mampu menawarkan program Sijil Teologi tetapi pada masa kini, BTS mampu menawarkan tahap pendidikan kepada program Master of Arts (MA). Oleh kemurahan Tuhan, BTS mula menawarkan program dalam Diploma Teologi pada tahun 1993, dan kemudiannya diikuti dengan program Sarjana Muda Teologi pada tahun 2007 dengan kerjasama Malaysia Bible Seminary dan pada tahun 2010 telah menyelenggarakan program Master of Arts (M.A) in Missiology dengan kerjasama Institut Injil Indonesia. Pada tahun 2025, BTS dengan rasminya telah menawarkan program Master of Divinity (M.Div) dengan ambilan sebanyak 10 orang pelajar bagi pengambilan yang pertama.

Sehingga kini, Borneo Theological Seminary telah melahirkan seramai 1515 orang penamat. (statistic sehingga 2024)