Pada tahun 2007, Borneo Thelogical Seminary (sebelum ini dikenali sebagai Maktab Teologi Sabah) dinaik taraf lagi dengan kerjasama Malaysia Bible Seminary (MBS) dengan penambahan program kepada Ijazah Sarjana Muda Teologi (B.Th), juga telah menjadi Associate Member Malaysian Association of Theological School (MATS). Pada Tahun 2011, MTS telah menjadi Ahli Asia Theological Association (ATA) Dan pada tahun 2018 MTS dinaik taraf menjadi Borneo Theological Seminary. Kini BTS mempunyai pengiktirafan sijil di seluruh dunia.
1. Master of Arts In Missiology dan Pastoral Konseling (M.A). 2. Sarjana Muda Teologi (B. TH), (4 Tahun). 3. Diploma Teologi (3 Tahun). 4. Sijil Teologi (2 Tahun). 5. Pendidikan Teologi Jarak Jauh (PTJJ).
